Основные возможности программы:

Простой интуитивно-понятный интерфейс.
Все особенности и элементы интерфейса проектировались с расчетом на то, чтобы пользователь немедленно приступил к работе.
Слои.
Как правило, только дорогие платные программы для работы с изображениями умеют работать со слоями. Paint.NET предоставляет эту возможность бесплатно.
Мощные инструменты.
Paint.NET имеет мощные, но простые инструменты для работы с векторной графикой, выделения (волшебная палочка), клонирования изображений, а также простой текстовый редактор, инструменты для масштабирования (от 1% до 3200%) и замены цвета.
Неограниченная история.
Для исправления возможных ошибок допущенных в процессе редактирования фотографий или рисунков в программе Paint.NET предусмотрена функция истории. Каждое ваше действие может быть удалено и потом возобновлено опять. Длинная истории ограничивается только доступным дисковым пространством.
Специальные эффекты.
Paint.NET содержит множество специальных эффектов для улучшения изображений. Кроме стандартных, знакомых нам по аналогичным платным программам, присутствующий также уникальный эффект - 3D вращение. Как обычно присутствуют и такие незаменимые функции как яркость изображения, контраст, оттенок, насыщенность и т.п.
Плагины.
Для графического редактора Paint.NET разработано множество плагинов, обогащающих возможности программы или просто добавляют новые спецэффекты.